（1）高效性
臭氧消毒是以空氣為媒質，不需要其它任何輔助材料和添加劑。消毒進行時臭氧發生器產生一定量臭氧，在相對密封的環境下，擴散均勻，包容性好，克服了紫外線殺菌存在的諸多死角的特點，可達到全方位快速高效的消毒滅菌目的。另外，它的滅菌譜廣，既可殺滅細菌繁殖體、芽胞、甲乙型肝炎病毒、真菌和原蟲胞體等多種病毒，還可以破壞肉毒桿菌和毒素及立克次氏體等，同時還具有很強的除霉、腥、臭等異味的功能。
（2）高潔凈性
臭氧快速自然分解為氧的特性，是臭氧作消毒滅菌劑的獨特優點。臭氧是利用空氣中氧氣產生的，消毒氧化過程中，多余氧（O）在30min后又結合成氧分子（O2），不存在任何殘留物，解決了消毒劑消毒方法產生的二次污染問題，同時省去了消毒結束后的再次清潔。
（3）方便性
臭氧滅菌器一般安裝在潔凈室內或空氣凈化系統中或滅菌設備內（如臭氧滅菌柜、傳遞窗等）。根據調試驗證的滅菌濃度及時間，設置滅菌器的按時間開啟及運行時間，操作使用方便。而用甲醛熏蒸消毒時間長，而臭氧消毒可以天天定時開啟使用。
（4）經濟性
通過臭氧消毒滅菌在諸多制藥行業及醫療衛生單位的使用及運行比較，臭氧消毒方法與其它方法相比具有很大的經濟效益和社會效益。在當今工業快速發展中，環保問題特別重要，而臭氧消毒卻避免了其它消毒方法產生的二次污染。