在考慮、設計治療設備的安放如何更好更完美、內部布局和裝潢如何更高雅更舒適的同時，千萬不能忽略了口腔診所污水處理的設計。污水處理是否達標將關系到診所能否開辦。由于口腔診所污水中含有大量的病原微生物和有毒物質，所以國家制定了GB18466-2005《醫療機構水污染物排放標準》，要求診所和醫院的污水必須經消毒處理后才能排至市政管網。污水的消毒處理一般可分為消毒前的預處理和污水的消毒，口腔診所的污水消毒處理中的預處理和消毒往往同時進行。
一.口腔診所污水排放的標準
  2005年7月27日我國國家環境保護總局和國家質量監督檢驗檢疫總局發布的醫療機構污染物排放標準要求，自本標準自實施之日2006年1月1日起，代替GB8978-1996《污水綜合排放標準》中有關醫療機構水污染物排放標準部分，并取代 GB18466-2001《醫療機構污水排放要求》。依據GB18466-2005醫療機構水污染物排放標準口腔診所的污水經處理和消毒后應達到下列標準:
  綜合醫療機構和其他醫療機構水污染物排放限值（日均值）
 1、糞大腸菌群數不得大于500MPN/L。
 2、腸道致病菌不得檢出
 3、腸道病毒不得檢出
 4、pH值保持在6--9之間
 5、化學需氧量（COD）的濃度不得超過60mg/L，最高允許排放負荷60g/床位。
 6、生化需氧量（BOD）的濃度不得超過20mg/L，最高允許排放負荷20g/床位。
 7、懸浮物（SS）的濃度不得超過20mg/L，最高允許排放負荷20g/床位。
 8、氨氮不得超過15mg/L。
 9、動植物油不得超過5mg/L。
 10、石油類不得超過5mg/L。 
 11、陰離子表面活性劑不得超過5mg/L 
 12、色度不得超過稀釋倍數30倍。
 13、揮發酚不得超過0.5mg/L。
 14、總氰化物不得超過0.5mg/L。
 15、總汞不得超過0.05mg/L。
 16、總鎘不得超過0.1mg/L。
 17、總鉻不得超過1.5mg/L。
 18、六價鉻不得超過0.5mg/L。
 19、總砷不得超過0.5mg/L。
 20、總鉛不得超過1mg/L。
 21、總銀不得超過0.5mg/L。
 22、總Α不過超過1Bq/L。
 23、總Β不得超過過10Bq/L。
 24、總余氯1）2）不得超過5mg/L。
 注：1）采用含氯消毒劑消毒的工藝控制要求為：一級標準：消毒接觸池接觸時間≥1h，接觸池出口總余氯 3-10 mg/L。
                                            二級標準：消毒接觸池接觸時間≥1h，接觸池出口總余氯 2-8 mg/L。
   2）采用其他消毒劑對總余氯不作要求。

 醫療機構污水污染物（COD、BOD、SS）單位排放負荷計算方法：
 F1  水污染物單位排放負荷計算公式：
 L= C×Q/N
 式中：
 L---水污染物排放單位負荷（g/床.d ）
 C---污染物排放濃度（mg/L）
 Q---日排水量（m3/ d）
 N---床位數（床）

二.污水處理和消毒設計
   污水處理和消毒設計要求口腔診所的規模往往都不是很大，污水量也有限，傳統的醫療污水處理的設計時都需要建立一個污水處理池，不但破壞小診所不大空間的美觀，而且形成不必要的成本浪費，有的甚至找不到這個一個隱蔽安全的地方，長期存水也會發出難聞的味道。
   深圳市格潤環境科技有限公司設計的一體化小型醫療機構污水處理設備，無需污水池的土建，不用投藥，設計安裝前置過濾渣水箱和污水消毒殺菌處理箱，起到一體化簡單可靠的效果。

三.診所污水的消毒處理方法
   標準要求規定消毒劑通常使用的有：二氧化氯、次氯酸鈉、液氯、紫外線和臭氧等。
   臭氧比次氯酸鈉、氯、二氧化氯、紫外線等具有更強的氧化能力，可以比氯快600-3000倍的速度殺死包括氯不能徹底殺死的所有細菌、病毒等；可將某些重金屬離子Pb、Hg等氧化沉淀達到分離的目的；另外臭氧還可降低生化耗氧量（BOD）和化學耗氧量（COD）、去除亞硝酸鹽和脫色、除臭等。經此處理的醫院污水，可大大提高排放標準，甚至可返回作為非飲用水再利用。
  醫院污水用臭氧消毒與其它方式消毒的比較： 
  臭氧消毒現制現用，克服了其它方式在運輸、儲存和處理過程中的危險。
  臭氧消毒接觸時間短，能改善水質，是一種優良的消毒劑。
  臭氧能殺滅其它方式如氯等不能殺滅的病毒、芽孢等。
  臭氧消毒作用不受廢水中氨氫含量及PH值的影響。
  臭氧是氧的同素異形體，臭氧在室溫下殺菌消毒結束后自然衰變為氧氣，沒有任何二次污染，而氯不能還原，其投加量多了會超標，其投加量少了又起不來應有的殺菌作用，作為非技術人員很難控制。GB18466-2005《醫療機構水污染物排放標準》中第4.1.6條明確規定采用含氯消毒劑進行消毒的醫療機構污水，若直接排入地表水體和海域，應進行脫氯處理，使總余氯小于 0.5mg/L。同時氯也是污染物，會造成環境的二次污染，二氧化氯發生器以氯酸鈉和鹽酸（31%）為原料，運行成本高。

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